En la región del norte antioqueño comprendida por los territorios de los municipios de Toledo y su vecino San Andrés de Cuerquia, antes de llegar los conquistadores, mediando el siglo XVI, habitaban etnias indígenas Nutabes, gobernados por el Cacique Guarcama. Los Nutabes eran tribus de la familia más amplia de los Caribes En 1573 llegan los españoles al mando de Andrés de Valdivia. En 1582 se funda en el lugar el poblado de San Andrés del Cauca, como homenaje al conquistador Valdivia. Inicialmente, el gobierno español adjudicó las tierras de estos dos municipios al capitán español Francisco López de Rúa. Se considera como fecha oficial de fundación el año de 1757. En 1853 se funda en el lugar el caserío de Toldas, que por 1880 adquiere importancia al establecerse aquí varias familias provenientes de San Andrés de Cuerquia. En 1891 se crea, de parte de la municipalidad de San Andrés de Cuerquia, el corregimiento de Toledo. En 1912 es erigido municipio con el nombre de Córdoba, separándose de San Andrés de Cuerquia. En 1915, por petición popular, el municipio cambia el nombre de Córdoba por el de Toledo, por disposición de la Asamblea Departamental de Antioquia.