Una versión indica que el nombre de origen Catío significa parecido a la sardina y proviene de las palabras ama (sardina) y ka (parecido). Otra asegura que procede de Omagá, un caserío de los indios Nutabes que durante la conquista fue llamado Pueblo de las Peras. El territorio de Amagá estaba habitado por los indios Omogaes y Senufanáes, de la familia Nutabe. En 1716 don José María comienza la colonización de las tierras de Amagá. En 1788 Miguel Pérez de la calle solicita al oidor Mon y Velarde la fundación de un poblado en las de Amagá. El 4 de Agosto de 1788 Mon y Velarde oficializó su fundación con el nombre de San Fernando de Borbón en honor al rey de España. Amagá alcanzo la categoría de Distrito (municipio).