La historia de San Pedro de Urabá apenas comienza. Su nacimiento se produce en plena época de la violencia en el norte de Colombia. Se conoce que en 1948 ya comenzaban a desplazarse hacia el norte familias enteras huyendo de este flagelo, y varias llegaron a un sitio -conocido como "El Pirú" por los locales-, en las regiones boscosas en inmediaciones del río San Juan donde hoy se asienta el poblado. Descuajaron algo de selva y se asentaron en la región. Poco a poco fueron llegando más colonos tras las noticias de una buena economía que allí podría desarrollarse en razón de la riqueza de la zona. El gobierno erigió en municipio a la población en el año de 1978, con el nombre actual de San Pedro de Urabá.